La autonomía de gestión presupuestal de los Poderes Judiciales locales es un principio fundamental de su independencia, y su violación ocurre cuando otro poder interfiere en el nombramiento, promoción o remoción de sus miembros, en la inmutabilidad salarial, en la carrera judicial o en la propia gestión presupuestal.

La Segunda Sala de la Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió una controversia constitucional promovida por el Poder Judicial del Estado de Morelos contra un decreto del Poder Legislativo que otorgaba una pensión por jubilación a una persona con cargo al presupuesto del Poder Judicial. La Corte determinó que el decreto violaba la autonomía de gestión presupuestal del Poder Judicial, ya que el Legislativo se extralimitó en sus funciones al imponer una carga financiera sin la debida asignación presupuestaria y sin respetar la independencia del Poder Judicial. Se enfatizó que la autonomía presupuestal es esencial para el funcionamiento independiente de los Poderes Judiciales locales.