La factura electrónica, aun con las medidas de fiabilidad del sistema fiscal, no tiene por sí misma fuerza probatoria plena, pues su valor como comprobante de una relación comercial o prestación de servicios depende de las circunstancias y contenido, sin que las implicaciones fiscales le otorguen una presunción de veracidad absoluta.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió una contradicción de criterios sobre el valor probatorio de las facturas electrónicas. El Décimo Segundo Tribunal Colegiado en Materia Civil del Primer Circuito concedió el amparo al considerar que, a pesar de las medidas de fiabilidad del sistema fiscal, las facturas no tienen por sí solas una fuerza probatoria plena. Este criterio se basó en la jurisprudencia 1a./J. 89/2011, que establece que las facturas son documentos privados cuyo valor depende de las circunstancias, y que las implicaciones fiscales no les otorgan una presunción de veracidad absoluta ante posibles errores en su emisión.