La autonomía constitucional de los órganos autónomos, como el Instituto Nacional Electoral, no es absoluta y está sujeta a los límites y controles establecidos por la Constitución y las leyes, incluyendo la aprobación del Presupuesto de Egresos de la Federación por la Cámara de Diputados.

El Instituto Nacional Electoral (INE) promovió una controversia constitucional contra la Cámara de Diputados por la reducción de su presupuesto para el ejercicio fiscal 2022 y la fijación de remuneraciones para su personal. El INE argumentó que la reducción afectaba su autonomía constitucional y la posibilidad de realizar sus funciones, especialmente en materia de revocación de mandato y consulta popular. La Cámara de Diputados, por su parte, defendió la constitucionalidad del presupuesto, argumentando que su facultad de aprobarlo es exclusiva y que la autonomía del INE no es ilimitada, debiendo sujetarse a los controles presupuestarios y a los límites de remuneración establecidos en la Constitución. La Suprema Corte analizó la tensión entre la autonomía de los órganos autónomos y las facultades del Poder Legislativo en materia presupuestaria.