El tratamiento fiscal de las notas de crédito es el de una deducción, por lo que su registro debe constar en el apartado de egresos de la contabilidad, siendo necesario su debido registro para su deducibilidad.

El SAT determinó un crédito fiscal a la contribuyente por omisión de ingresos en ISR 2012, argumentando que las notas de crédito debían registrarse como egresos y no como ingresos. El Tribunal Colegiado determinó que las notas de crédito son deducibles si se registran correctamente en la contabilidad como egresos, conforme a la Ley del ISR abrogada.