Las aportaciones federales, al igual que las participaciones, gozan de la protección constitucional que garantiza su entrega a los municipios, por lo que la Secretaría de Hacienda y Crédito Público debe velar por su correcta ministración y destino.

El municipio de Zontecomatlán promovió controversia constitucional ante la negativa de la Secretaría de Hacienda y Crédito Público de confirmar la recepción de recursos federales y de afectarlos para el pago directo al municipio. La SCJN determinó que las aportaciones federales, al igual que las participaciones, están protegidas por la Constitución y deben ser entregadas a los municipios. La Secretaría de Hacienda tiene la facultad de vigilar la correcta administración y destino de estos recursos, pudiendo realizar descuentos a los estados en caso de incumplimiento.