La libertad y autonomía sindicales no son absolutas y pueden ser limitadas por el legislador para garantizar la democracia interna y los derechos de los trabajadores.

La Segunda Sala de la Suprema Corte de Justicia de la Nación analizó la constitucionalidad de diversas disposiciones de la Ley Federal del Trabajo reformada en materia de justicia laboral. En particular, se determinó que la posibilidad de que un trabajador se niegue al descuento de cuotas sindicales no viola la libertad ni la autonomía sindical, sino que busca garantizar la voluntad individual y la transparencia en la administración de los sindicatos. La Corte enfatizó que, si bien los sindicatos gozan de un amplio margen de autorregulación, este derecho puede ser limitado por el legislador para proteger los derechos de los trabajadores y asegurar el funcionamiento democrático de las organizaciones.