Las zonas de salvaguarda territoriales, al ser una categoría de área natural protegida de carácter estatal, permiten a las entidades federativas prohibir o condicionar actividades productivas dentro de ellas, siempre que sea congruente con los objetivos de conservación y el ordenamiento ecológico del territorio.
La Suprema Corte de Justicia de la Nación analizó la constitucionalidad de reformas a la Constitución y Ley de Equilibrio Ecológico del Estado de Baja California Sur que creaban "zonas de salvaguarda territoriales". Los promoventes argumentaron que estas zonas invadían competencias federales al regular actividades productivas y sustancias peligrosas. El Pleno determinó que las zonas de salvaguarda son una forma de área natural protegida de competencia estatal, facultando a las entidades a establecer restricciones a actividades productivas para la conservación de ecosistemas y servicios ambientales, siempre que sea congruente con el ordenamiento ecológico del territorio.
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