La controversia constitucional es improcedente cuando se controvierten actos que no son de los que esta vía permite impugnar, como lo son las omisiones de autoridades federales en materia de aguas nacionales, pues la competencia para conocer de ellas recae en el juicio de amparo.

Se desechó de plano una demanda de controversia constitucional promovida por la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (PROFEPA). La PROFEPA argumentaba que un juez de distrito, al dictar medidas precautorias en una acción colectiva sobre un río, estaba invadiendo competencias federales en materia de aguas nacionales. La Suprema Corte determinó que las omisiones reclamadas a autoridades federales (CONAGUA, SEMARNAT, PROFEPA) no son impugnables en controversia constitucional, sino en juicio de amparo, lo que hacía improcedente la demanda.