La autonomía de gestión presupuestal de los Poderes Judiciales Locales es un principio fundamental de su independencia, cuya afectación por parte de los Poderes Ejecutivo o Legislativo, ya sea por intromisión, dependencia o subordinación, constituye una violación al principio de división de poderes.

La Segunda Sala de la Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió una controversia constitucional promovida por el Poder Judicial del Estado de Morelos contra la alteración de su presupuesto. La Sala determinó que el Poder Ejecutivo no tiene facultades para modificar el anteproyecto de presupuesto enviado por el Poder Judicial, ya que esto vulnera la autonomía presupuestal y la independencia judicial, principios fundamentales garantizados por el artículo 116 constitucional. Se estableció que la intromisión, dependencia o subordinación en la gestión presupuestal del Poder Judicial por parte de otros poderes constituye una violación al principio de división de poderes.