La autonomía constitucional de los Órganos Constitucionales Autónomos se respeta al no imponerles cargas presupuestarias que no estén previstas en su propio presupuesto, ni que contravengan su naturaleza y funciones.

La Fiscalía General del Estado de Morelos promovió controversia constitucional contra el artículo 2 del Decreto número dos mil ochenta y cuatro, emitido por el Congreso local, que le imponía la obligación de pagar una pensión por jubilación con cargo a su presupuesto. La Corte determinó que el Congreso, al aprobar el Presupuesto de Egresos del Estado para el ejercicio fiscal 2024, ya había asignado recursos suficientes a la Fiscalía para cubrir sus obligaciones, incluyendo pensiones y jubilaciones, por lo que no podía imponerle cargas adicionales o imprevistas que afectaran su autonomía.