El principio de libre administración hacendaria municipal no es absoluto y encuentra su límite en el cumplimiento de la Constitución y la ley, por lo que los municipios no pueden invocarlo para justificar el incumplimiento de obligaciones de retención y entero de impuestos establecidos en normativas locales.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación analizó una controversia constitucional promovida por el Municipio de Tepic contra un decreto que reformaba leyes fiscales y de responsabilidades de servidores públicos. El Municipio argumentó que una disposición transitoria del decreto violaba su libre administración hacendaria al obligarlo a pagar una deuda antigua de un impuesto especial destinado a la Universidad Autónoma de Nayarit. La Corte determinó que el principio de libre administración hacendaria no es absoluto y no exime a los municipios de cumplir con sus obligaciones de entero de impuestos, especialmente cuando estos no forman parte de su hacienda sino que son retenidos y deben ser enterados a un tercero. Por lo tanto, la disposición transitoria que establecía mecanismos para regularizar dichos adeudos fue declarada válida.