La autonomía de los organismos de protección de los derechos humanos se vulnera cuando la designación y remoción de sus titulares y órganos internos recae en el Poder Legislativo, pues ello genera una relación de subordinación que contraviene el principio de autonomía consagrado en el artículo 102, apartado B, de la Constitución Federal.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió acciones de inconstitucionalidad promovidas por la Procuraduría General de la República, la Defensoría de los Derechos Humanos de Querétaro y la Comisión Nacional de los Derechos Humanos contra diversos preceptos de la Ley de Derechos Humanos del Estado de Querétaro. El Tribunal Pleno determinó que la intervención del Poder Legislativo en la designación y remoción de funcionarios clave de la Defensoría de Derechos Humanos, como el visitador general y el secretario técnico, contraviene el principio de autonomía de estos organismos, al generar una subordinación que impide su correcto funcionamiento y el cumplimiento de sus fines constitucionales.