La autonomía municipal se transgrede cuando el Poder Ejecutivo de una entidad federativa omite entregar las aportaciones federales a los municipios, lo cual genera la obligación de pagar intereses moratorios.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió una controversia constitucional promovida por el Municipio de Chocamán contra el Poder Ejecutivo y Legislativo del Estado de Veracruz por la retención de aportaciones federales (FISMDF) correspondientes a agosto, septiembre y octubre de 2016. La Corte determinó sobreseer el juicio contra el Poder Legislativo al no acreditarse su participación en los actos reclamados. En cuanto al Poder Ejecutivo, se consideró que la omisión de entrega de los fondos vulneró la autonomía municipal, declarando fundada la controversia y condenando al Ejecutivo estatal a entregar las cantidades adeudadas junto con los intereses moratorios correspondientes, estableciendo un plazo de noventa días para el cumplimiento.