La designación del titular del Órgano Interno de Control de un tribunal de justicia administrativa por parte del Congreso Local vulnera los principios de autonomía e independencia judicial, al generar un incentivo estructural para la intromisión, subordinación o dependencia.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió una controversia constitucional promovida por el Tribunal de Justicia Administrativa del Estado de Oaxaca contra normas que facultaban al Congreso Local para designar al titular de su Órgano Interno de Control. El Tribunal Pleno determinó que dicha facultad legislativa vulnera la autonomía e independencia judicial del tribunal, al crear un riesgo de subordinación o dependencia, similar a lo resuelto en casos previos sobre tribunales electorales. Por ello, se declaró la invalidez de las disposiciones impugnadas.