La autonomía financiera de los órganos constitucionales autónomos locales se vulnera cuando el Poder Legislativo de la entidad les impone directamente el pago de pensiones con cargo a su presupuesto, sin la transferencia de recursos suficientes o la debida asignación presupuestaria.

La Fiscalía General del Estado de Morelos impugnó un decreto que le ordenaba pagar una pensión por invalidez con cargo a su presupuesto, argumentando una invasión a su autonomía financiera. La Suprema Corte de Justicia de la Nación determinó que, si bien la pensión es un derecho, la imposición directa del pago sin la debida asignación de recursos por parte del Congreso vulnera la autonomía presupuestal del órgano autónomo. Por ello, se declaró la invalidez parcial del decreto en la porción que obligaba a la Fiscalía a realizar dicho pago con cargo a su presupuesto, ordenando al Congreso modificar el decreto y establecer la forma de financiamiento o transferir los recursos necesarios.