La autonomía de gestión presupuestal del Poder Judicial es un principio fundamental de su independencia, cuya violación se actualiza cuando otro poder dispone de sus recursos o determina el pago de pensiones a su cargo sin su participación.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió una controversia constitucional promovida por el Poder Judicial del Estado de Morelos contra el Congreso y el Poder Ejecutivo de la misma entidad. El Poder Judicial impugnó un decreto legislativo que otorgaba una pensión por cesantía en edad avanzada a una persona, ordenando que el pago se realizara con cargo al presupuesto del Poder Judicial. La Corte determinó que este acto violaba la autonomía de gestión presupuestal y la independencia del Poder Judicial, al ser una intromisión indebida en sus finanzas y toma de decisiones. Por ello, declaró la invalidez parcial del decreto en la porción que obligaba al Poder Judicial a cubrir la pensión, ordenando al Congreso modificar el decreto para que el pago se realizara con cargo al presupuesto general del Estado o se transfirieran los recursos necesarios a otro ente.