Las facultades de comprobación ejercidas directamente con el contribuyente, en términos del artículo 52-A, penúltimo párrafo, inciso b), del Código Fiscal de la Federación, no deben limitarse a la contribución no enterada, pues ante la transgresión al principio de confianza del sistema tributario, la autoridad puede verificar la situación fiscal general del contribuyente basada en un hecho objetivo.

La Segunda Sala de la Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió una contradicción de tesis sobre las facultades de comprobación de las autoridades fiscales. El caso se centró en si, al ejercer facultades de comprobación directamente con un contribuyente que dictamina sus estados financieros, debido a la detección de impuestos no enterados (excepción al artículo 52-A, penúltimo párrafo, inciso b), del Código Fiscal de la Federación), la revisión debía limitarse a esa contribución específica. La Sala determinó que la autoridad fiscal puede fiscalizar la totalidad de las contribuciones del ejercicio, ya que la omisión de un pago genera una duda razonable sobre el cumplimiento general de las obligaciones fiscales, fundamentada en un hecho objetivo y en el principio de confianza del sistema tributario.