La autonomía de gestión presupuestal del Poder Judicial es un principio fundamental de su independencia, cuya vulneración por parte del Poder Legislativo al ordenar el pago de pensiones con cargo a dicho presupuesto, sin la transferencia de recursos suficientes, atenta contra la división de poderes.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió una controversia constitucional promovida por el Poder Judicial del Estado de Morelos contra el Decreto 1055, emitido por el Congreso local, que concedía una pensión por invalidez a cargo del presupuesto del Poder Judicial. La Corte determinó que el Congreso vulneró la autonomía presupuestal y la división de poderes al ordenar el pago de dicha pensión con recursos del Poder Judicial, sin que este último tuviera control sobre la decisión o los fondos. Por ello, se declaró la invalidez parcial del decreto, ordenando al Congreso hacerse cargo del pago de la pensión con cargo al presupuesto general del Estado.