La autonomía de los órganos de investigación y sanción de responsabilidades administrativas y hechos de corrupción se traduce en la existencia de órganos, procedimientos, supuestos y sanciones propios para cada tipo de responsabilidad, permitiendo que un servidor público sea sujeto de varias responsabilidades por una sola conducta y sancionado en diferentes vías.

El criterio establece que los órganos encargados de investigar y sancionar responsabilidades administrativas y hechos de corrupción no están limitados por la secrecía de información fiscal o bancaria, y la ley determinará cómo se les entregará dicha información. Se enfatiza la autonomía de estos órganos, la cual permite que un servidor público sea responsable y sancionado en distintas vías por una misma conducta, dependiendo de las normas violadas y los efectos de su actuación, incluso si un hecho no constituye delito pero sí una infracción administrativa con daño al erario.