La valoración de las pruebas periciales contables debe ser exhaustiva y motivada, analizando la totalidad de los elementos probatorios y la legislación aplicable, sin limitarse a transcribir las conclusiones de los peritos.

El Tribunal Federal de Justicia Administrativa, en cumplimiento a una ejecutoria de amparo, reexaminó un caso donde la sentencia original había determinado la validez de un crédito fiscal. El amparo se concedió debido a que la Sala Regional no analizó de forma completa y fundada los argumentos de la actora sobre la naturaleza de ciertas notas de crédito y depósitos bancarios, limitándose a la opinión de un perito tercero. El Tribunal enfatiza la obligación de analizar todas las pruebas y la ley aplicable para determinar si las operaciones constituyen ingresos acumulables o no, y si los depósitos bancarios están debidamente justificados y registrados contablemente, garantizando así la exhaustividad y congruencia de la sentencia.