La autonomía del Tribunal de Justicia Administrativa del Estado de Aguascalientes, en términos de su Ley Orgánica, le permite establecer su organización, funcionamiento y procedimientos, así como dictar sus fallos de manera independiente e imparcial.

El Tribunal de Justicia Administrativa del Estado de Aguascalientes es un órgano jurisdiccional con personalidad jurídica y patrimonio propios, especializado en materia administrativa, fiscal, combate a la corrupción y responsabilidades administrativas. Su Ley Orgánica le otorga plena autonomía para dictar sus fallos y establecer su organización y funcionamiento, operando bajo principios de profesionalismo, imparcialidad e independencia. El órgano interno de control, por su parte, es responsable de la evaluación administrativa y la prevención de responsabilidades, con facultades para investigar conductas de servidores públicos y aplicar sanciones.