La compensación garantizada no forma parte del sueldo base de cotización para efectos de las cuotas y aportaciones de seguridad social ante el ISSSTE, al no estar incluida en los conceptos de sueldo, sobresueldo y compensación que integraban el sueldo básico conforme a la ley abrogada, ni en el concepto de sueldo del tabulador regional de la ley vigente, salvo que la dependencia o entidad haya considerado dicha prestación para el cálculo de las cuotas y aportaciones.

El asunto gira en torno a si la compensación garantizada debe incluirse en el sueldo base de cotización para el cálculo de las cuotas y aportaciones de seguridad social ante el ISSSTE. La Segunda Sala de la SCJN determinó que, conforme a la Ley Federal de los Trabajadores al Servicio del Estado y la Ley del ISSSTE, la compensación garantizada no forma parte del sueldo base de cotización. Esta interpretación se basa en la evolución legislativa y la jurisprudencia previa que distingue entre el sueldo tabular y otras prestaciones. La Sala también analizó los Manuales de Percepciones, concluyendo que no modifican la exclusión legal de la compensación garantizada del sueldo base de cotización, y desestimó los argumentos de inconstitucionalidad y de violación al principio de igualdad y proporcionalidad tributaria.