La autonomía universitaria, si bien permite el autogobierno de las instituciones de educación superior, no las equipara a órganos constitucionales autónomos para efectos de la procedencia de la controversia constitucional.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación desechó de plano una controversia constitucional promovida por una universidad. Se determinó que, a pesar de que el artículo 3, fracción VII, de la Constitución otorga autonomía a las universidades para autogobernarse, esta autonomía no las equipara a órganos constitucionales autónomos. Por lo tanto, no se actualiza el supuesto de procedencia para la controversia constitucional en este caso.