La autonomía municipal se transgrede cuando las autoridades gubernamentales omiten o retardan el pago de recursos a los municipios, generando un doble perjuicio: la pérdida del poder adquisitivo y la imposibilidad de destinar los fondos a los rubros previstos.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió una controversia constitucional promovida por el Municipio de Zitácuaro contra el Poder Ejecutivo del Estado de Michoacán por la omisión de pago de participaciones y aportaciones federales y estatales correspondientes al ejercicio fiscal 2015. La Corte determinó que dicha omisión violenta la autonomía municipal, al transgredir los principios de integridad y ejercicio directo de los recursos municipales. En consecuencia, ordenó al Poder Ejecutivo demandado pagar las cantidades adeudadas, así como los intereses generados por la mora, y contemplar dichos pagos en el presupuesto de egresos del ejercicio fiscal siguiente.