La autonomía presupuestal de los órganos constitucionales autónomos se garantiza mediante la asignación de recursos suficientes para el ejercicio de sus funciones, la cual no puede ser mermada por el Congreso local mediante modificaciones arbitrarias o carentes de fundamentación y motivación.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió una controversia constitucional promovida por la Comisión de Derechos Humanos del Estado de Morelos contra el Presupuesto de Egresos de dicho estado para 2024 y una reforma a su Constitución local. La Comisión argumentó que dichas disposiciones vulneraban su autonomía presupuestal y la división de poderes al modificar arbitrariamente su presupuesto solicitado y al otorgar un porcentaje mínimo a la Universidad Autónoma del Estado de Morelos sin hacer lo propio con la Comisión. El Tribunal Pleno determinó que, si bien el Congreso tiene facultades para aprobar el presupuesto, estas deben ejercerse de manera justificada y motivada, sin menoscabar la autonomía de los órganos autónomos.