La declaratoria de Área Natural Protegida y su Programa de Manejo son actos de autoridad que, al incidir en la esfera de competencias de los municipios en materia de desarrollo urbano y ordenamiento territorial, deben respetar sus atribuciones constitucionales y legales, incluyendo la consulta y participación de los gobiernos locales en su elaboración.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación analizó una controversia constitucional promovida por el Municipio de Lázaro Cárdenas, Quintana Roo, contra el decreto de Área de Protección de Flora y Fauna Yum Balam y su Programa de Manejo. El Municipio argumentó que dichos actos invadían sus competencias constitucionales en materia de desarrollo urbano, zonificación y ordenamiento territorial, y que no se respetó su derecho de participación en la elaboración de los mismos. La Corte determinó que, si bien la Federación tiene facultades para establecer Áreas Naturales Protegidas, estas deben ejercerse respetando las atribuciones municipales, especialmente en lo referente a la zonificación y el uso de suelo dentro de los centros de población y sus zonas de influencia.