La autonomía presupuestaria de los Poderes del Estado y Órganos Constitucionales Autónomos se transgrede cuando un poder distinto dispone unilateralmente del presupuesto del actor para imponerle el pago de una pensión, sin haber transferido previamente los fondos necesarios para cubrir dicha obligación.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación invalidó un Decreto emitido por el Congreso de Morelos que imponía el pago de pensiones al Poder Judicial sin transferir los fondos necesarios. Se determinó que esta acción transgrede la autonomía presupuestaria del Poder actor, ya que un poder distinto dispone de su presupuesto para cubrir una obligación sin la debida previsión y transferencia de recursos. La derogación de una norma local invocada por el actor no impidió el análisis de la afectación competencial.