La autonomía del Tribunal Fiscal de la Federación le confiere la facultad de calificar si la interpretación de las disposiciones tributarias por parte de la Secretaría de Hacienda es o no conforme a la ley, sin estar sujeto a dicha interpretación salvo excepciones específicas.

El Tribunal Fiscal de la Federación goza de autonomía para determinar la legalidad de las interpretaciones de las normas tributarias emitidas por la Secretaría de Hacienda. El artículo 10 del Código Fiscal de la Federación establece que las interpretaciones generales de la Secretaría solo obligan a sus órganos dependientes, no al Tribunal Fiscal, el cual está subordinado únicamente a la ley y a la jurisprudencia. La Suprema Corte ha reconocido esta autonomía, permitiendo al Tribunal Fiscal revisar y desestimar interpretaciones de Hacienda que no se ajusten a la ley.