La autonomía municipal se vulnera cuando un órgano legislativo local instruye a un municipio a iniciar una investigación por posibles responsabilidades administrativas, toda vez que dicha facultad recae en las vías establecidas en la ley de responsabilidades administrativas y no en la legislatura.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación analizó una controversia constitucional donde se determinó que una Legislatura local no puede instruir a un municipio a iniciar una investigación por posibles responsabilidades administrativas. La Corte sostuvo que dicha facultad corresponde a las vías establecidas en la Ley de Responsabilidades Administrativas, y que la Legislatura, en todo caso, debería realizar la denuncia correspondiente si tuviera conocimiento de hechos irregulares. Se consideró que la instrucción directa vulnera la autonomía municipal.