La autonomía presupuestal de los organismos públicos electorales locales se vulnera cuando el Congreso local les impone el pago de pensiones sin transferirles los recursos necesarios para ello, pues ello constituye una subordinación que afecta su independencia de gestión.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió una controversia constitucional promovida por el Instituto Morelense de Procesos Electorales y Participación Ciudadana (IMPEPAC) contra un decreto del Congreso de Morelos que le ordenaba pagar una pensión por cesantía en edad avanzada. El IMPEPAC argumentó que el decreto vulneraba su autonomía presupuestal al imponerle una carga económica sin la transferencia de recursos. La Corte determinó que, si bien el derecho a la pensión era válido, la forma de cubrirla a cargo del IMPEPAC sin la debida asignación presupuestal afectaba su autonomía, declarando la invalidez parcial del decreto en ese aspecto.