La alienación parental, como concepto jurídico, no puede ser la única base para determinar la pérdida de la patria potestad, ya que su naturaleza y diagnóstico carecen de consenso científico y pueden generar discriminación indirecta y estereotipos de género.

La Defensoría de los Derechos Humanos del Pueblo de Oaxaca promovió una acción de inconstitucionalidad contra diversos artículos del Código Civil de Oaxaca que regulaban la alienación parental. Se argumentó que el concepto de alienación parental, especialmente el "síndrome de alienación parental" (SAP) de Richard Gardner, carece de sustento científico y puede llevar a la revictimización de menores, violar su derecho a ser escuchados y generar discriminación indirecta contra las mujeres. La Suprema Corte analizó la falta de consenso científico sobre el SAP y concluyó que, si bien las prácticas alienadoras existen, el SAP como tal no está reconocido en clasificaciones médicas internacionales. Por ello, la aplicación de sanciones basadas únicamente en este concepto, como la pérdida de la patria potestad, puede ser desproporcionada y violatoria de derechos humanos.