La compensación civil no constituye un medio de pago del impuesto al valor agregado, ni puede dar lugar a una solicitud de saldo a favor o acreditamiento de dicho impuesto.

La Segunda Sala de la Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió una contradicción de criterios sobre si la compensación civil puede ser considerada un medio de pago del IVA y, por ende, dar lugar a una devolución o acreditamiento. El criterio que prevaleció es que la compensación civil determina el momento en que las contraprestaciones se consideran efectivamente cobradas, pero no es un medio de pago del IVA. Sostener lo contrario implicaría confundir el nacimiento de la obligación tributaria con su extinción, además de que el Código Civil Federal prohíbe la compensación en deudas fiscales salvo autorización legal expresa.