La facultad de los municipios para intervenir en la formulación y aplicación de programas de transporte público de pasajeros, en lo que afecte su ámbito territorial, no implica la atribución para prestar directamente dicho servicio, pues esta materia corresponde primordialmente a las entidades federativas.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación analizó una controversia constitucional promovida por el Poder Ejecutivo del Estado de Colima contra el Municipio de Comala, respecto a la regulación del transporte alternativo (mototaxis). El Estado argumentó que la regulación del transporte público es una facultad exclusiva del Ejecutivo estatal, invadiendo así sus competencias constitucionales. El Municipio defendió su derecho a regular aspectos de tránsito y servicios en vía pública. La Corte determinó que, si bien los municipios pueden intervenir en la formulación y aplicación de programas de transporte público que afecten su territorio, esta facultad no se extiende a la prestación directa del servicio, la cual recae principalmente en las entidades federativas.