La autonomía presupuestal de los organismos constitucionales autónomos se vulnera cuando el Poder Ejecutivo modifica el anteproyecto de presupuesto que estos presentan, y el Poder Legislativo aprueba dicho presupuesto sin motivar por qué se aparta de la propuesta original del órgano autónomo.

La Comisión de Derechos Humanos del Estado de Morelos promovió una acción de inconstitucionalidad contra la Ley de Ingresos y el Presupuesto de Egresos del Estado para el ejercicio fiscal 2021. Alegó que el Poder Ejecutivo modificó arbitrariamente su anteproyecto de presupuesto, reduciendo significativamente la cantidad solicitada, y que el Congreso aprobó dicho presupuesto sin la debida fundamentación. El Tribunal Pleno determinó que, si bien el procedimiento legislativo general fue válido, la intervención del Ejecutivo al modificar el anteproyecto de presupuesto de un órgano autónomo sin facultades para ello, y la posterior aprobación del Congreso sin motivar por qué se apartaba de la propuesta original, sí vulneraron la autonomía presupuestal y el principio de legalidad de la Comisión.