La autonomía de gestión presupuestal del Poder Judicial es una condición indispensable para garantizar su independencia, por lo que la orden de pagar una pensión con cargo a su presupuesto, sin la transferencia de recursos suficientes, vulnera dicha autonomía y constituye una forma de subordinación.

La Primera Sala de la Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió una controversia constitucional promovida por el Poder Judicial del Estado de Morelos contra el decreto legislativo que le ordenaba pagar una pensión por jubilación. La Corte determinó que el Congreso del Estado, al imponer esta carga económica sin transferir los recursos necesarios, vulneró la autonomía e independencia presupuestaria del Poder Judicial, lo cual es una forma grave de subordinación y una afectación a la división de poderes. Por ello, se declaró la invalidez parcial del decreto en la porción que obligaba al Poder Judicial a cubrir dicho pago con cargo a su presupuesto.