La concesión de una pensión por jubilación por parte de un Congreso local a un trabajador de un órgano autónomo, sin la asignación de los recursos presupuestales necesarios para cubrirla, vulnera la autonomía e independencia de dicho órgano en su vertiente presupuestaria, constituyendo una forma de subordinación y afectando su autonomía de gestión de recursos.

La Primera Sala de la Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió una controversia constitucional promovida por el Instituto Morelense de Procesos Electorales y Participación Ciudadana contra el Congreso del Estado de Morelos. El Instituto impugnó un decreto que le ordenaba cubrir una pensión por jubilación sin la transferencia de los recursos necesarios. La Sala determinó que esta acción del Congreso vulnera la autonomía presupuestaria del Instituto, al imponerle una carga financiera sin dotarlo de los medios para cumplirla, lo cual constituye una afectación al principio de división de poderes y a la autonomía de gestión del órgano autónomo.