La autonomía presupuestal del Poder Judicial de una entidad federativa se vulnera cuando el Congreso Local otorga una pensión a un ex trabajador de dicho Poder, imponiendo la carga económica sin haber generado previamente las condiciones legales y materiales suficientes para que el Poder Judicial pueda hacer frente a dicha obligación.

La Suprema Corte de Justicia de la Nación resolvió una controversia constitucional promovida por el Poder Judicial del Estado de Morelos en contra del decreto emitido por el Congreso Local que otorgaba una pensión por jubilación a una persona con cargo al presupuesto del Poder Judicial, sin transferir los recursos necesarios. La Corte determinó que dicho decreto vulnera la autonomía presupuestal del Poder Judicial, ya que el Congreso impuso una carga económica sin proveer los fondos suficientes, lo cual constituye una intromisión indebida y una afectación grave a la independencia del Poder Judicial.